Создана 24 марта 1964 года на базе краснознаменного Тихоокеанского флота, по приказу командующего ТОФ вице-адмирала Николая Николаевича Амелько и под председательством помощника командующего Бориса Николаевича Потехина.
1965 г. - утвержден Устав, положение о флотилии, форме одежды.
1966 г. - штабом пионерской флотилии выбран мемориальный корабль "Красный вымпел".
1969 г. - флотилии переезжает в стены войсковой части 25151, командующим пионерской флотилии назначен капитан III ранга П. А. Квитко.
1973 г. - решением приморского краевого ВЦСПС, приморского крайкома ВЛКСМ и отдела народного образования флотилия передается на попечение Управления тралового и рефрижераторного флота Приморрыбпрома.
1974 г. - управлению ТРФ Приморрыбпрома, на балланс передается здание по улице Минеров, 4, бывшая 65 школы.
1974 г. - решением приморского крайкома ВЛКСМ в связи с празднованием 10-летия образования клуба и 70-летия подвига моряков крейсера "Варяг" клубу "Юный техник" УТРФ - присвоено имя "Варяг".
1975 г. - на должность директора приглашена завуч городского дома пионеров Лидия Дмитриевна Глущенко.
1976-1979 гг. - создается мощная материально-учебная база флотилии.
1982 г. - решением ЦК ВЛКСМ Флотилии "Варяг" ВБТРФ присваивается премия Ленинского комсомола.
1984 г. - заканчивается строительство летнего лагеря на острове Русский, в бухте Рында.
1985 г. - на должность директора назначается капитан-наставник ВБТРФ Александр Митрофанович Скрипко.
1979-1991 гг. - воспитанники флотилии посещают все города-герои СССР, звёздный городок, занимают призовые места на Чемпионатах и Первенствах РСФСР.
1990 г. - меняется экономическая ситуация в стране, ВБТРФ распадается на дочернии предприятия.
1991 г. - и.о. директора флотилии исполняет мастер спорта СССР Валерий Ямщиков.
1993 г. - директором снова становится Александр Митрофанович Скрипко.
1994 г. - заботу о флотилии берет на себя компания "АРС'Я" под руководством Виталия Николаевича Яцковича. Но помощи хватило только на два года.
1996 г. - руку помощи протянул директор Центра детско-юношеского творчества Владимир Михайлович Янполь и руководитель клуба "Юный патриот Родины" Галина Викторовна Киселева, флотилия вошла в состав клуба "ЮПР".
2004 г. - флотилия переезжает в новое здание по ул. Сафонова 39. С этого периода начинается новый этап в жизни флотилии.
2005 г. - флотилия становится полноправным структурным подразделением "Центра детского творчества г. Владивостока". Руководителем становится старший педагог клуба - Огородова Людмила Ильинична.
2007 г. - за заслуги в военно-патриотическом воспитании, руководитель флотилии награждается знаком "Патриот России" (высшая награда в области военной патриотического воспитания).
2011 г. - за успехи в патриотическом воспитании флотилия награждается Почетной грамотой Министерства культуры Российской Федерации. Во флотилии организовано первичное отделение ДОСААФ России г. Владивостока Приморского края.
24 марта 2014 г. - детская флотилия "Варяг" отмечает 50-летний юбилей. Торжественное мероприятие прошло в Андреевском зале Владивостокского Дома офицеров флота, в мероприятии приняли участие представители управления по работе с муниципальными учреждениями образования. От имени главы города Владивостока коллективу вручено благодарственное письмо главы администрации. Руководитель флотилии награждена знаком "Владивосток - город воинской славы", почетной грамотой думы города Владивостока, и знаком "Учителю. За преданность". Педагогический коллектив отмечен высшими наградами за патриотическое воспитание, Памятным знаком "Патриот России". А флотилия награждена Медалью "За успехи в патриотическом воспитании".
01 сентября 2014 г. - на должность руководителя флотилии назначен воспитанник и педагог флотилии Сергей Владимирович Костин.
Ноябрь 2014 г. - воспитанники флотилии Доценко Алексей, Сабиров Бехруз, Севрюк Вероника вошли в сборную Приморского края по радиоспорту, а руководитель флотилии назначен на должность тренера сборной.
2014 г. - был годом напряжённым в истории флотилии 50 летние, становление на путь продвижения радиотехнических видов спорта, открытие коллективной радиостанции.
12 декабря 2014 г. - открытие коллективной радиостанции детской флотилии "Варяг" ЦДТ г. Владивостока. UD0LAT.
04 сентября 2018 г. - назначается руководителем структурного подразделения Детская морская флотилия "Варяг", педагог дополнительного - образования Самочков Василий Николаевич.
01 февраля 2023 г. - флотилия переходит под управление МБОУ "СОШ №25" и меняет название на Морской военно-патриотический клуб Флотилия "Варяг".